La croissance et le développement de la collaboration entre Finch et Reese pour enregistrer les numéros non pertinents, et la prise de conscience de ce que la machine peut faire de Reese.

L'évolution de l'organisation et de l'amitié entre Reese et Finch.

L'histoire de Reese avec Jessica Arndt et la collaboration de Reese avec la CIA, y compris ses rencontres avec Kara Stanton.

L'histoire des débuts de la machine, y compris Finch qui est son développeur, et ses activités avec Nathan Ingram et Alicia Corwin .

Carter recherche Reese, son mystérieux "homme au costume", aboutissant à la découverte de Reese et Finch. Elle découvre à ce moment là qui ils sont. 

Elle commence à travailler avec Reese et Finch, ne sachant toujours pas que Lionel Fusco, le lieutenant promu à ses côtés, officie aussi avec eux.

L'émergence du crime organisé à New York, y compris Carl Elias et le HR.

Le recrutement de Reese d'un réticent Fusco pour surveiller le HR , et sa transformation d'un flic corrompu à un flic honnête.

La CIA et le FBI recherchent Reese. Cette investigation est dirigée respectivement par Mark Snow et Nicholas Donnelly.

L'introduction de Zoe Morgan, une "négociatrice" de New York qui deviendra ensuite collaboratrice occasionnel de Reese.

 Dans l'épisode 13, Finch voit ses ordinateurs piratés par une mystérieuse femme surnommée Root

La femme qu'aime Reese a été tuée deux ans auparavant par son mari saoul, faisant passer sa mort pour un accident de voiture. Reese se rend quelque temps plus tard chez cet homme pour se venger. 

Finch, quant à lui, travaillait déjà sur la Machine en 2002, avec l'aide de son ami Nathan Ingram. Il l'a offerte contre un dollar symbolique et s'est ensuite fait passer pour mort afin de protéger sa fiancée Grace.

Ingram décède en 2010 d'une cause encore inconnue. Enfin, Alicia Corwin, l'une des seules personnes au monde à connaître l'existence de la Machine, se fait tuer par Root alors qu'elle interrogeait Finch.

 Dans la dernière scène, Reese s'adresse indirectement à la Machine à l'aide d'une caméra : « Sa vie est en danger parce qu'il travaillait pour toi. Alors tu vas m'aider à le sortir de là ». Peu après, un téléphone public sonne, Reese décroche.